Maxsolar's Linux Blog: science.software

2009年8月4日星期二

GSAS on Linux安裝筆記

第一次接觸到gsas這套自由軟體，是在成大地科系跟龔老師的高壓礦物研究室學來的。很幸運能夠幫忙開發轉換gsas格式的小程式，僅以此篇作筆記。

一、What's GSAS?
GSAS (General Structure Analysis System)是一套可以藉由中子繞射(neutron diffraction)以及X-ray資料來分析結構模型的一套系統。她可以分析單晶繞射、粉末繞射 (Rietveld analysis)，或者兩者同時分析。愧於筆者並非本領域出身，請詳見該網站的介紹。作者是Allen C. Larson and Robert B. Von Dreele，Los Alamos National Laboratory。gsas並非開放原始碼軟體，作者也在首頁上說明別寫信跟他要原始碼。

二、下載及安裝
GSAS是一個文字介面(console mode)的程式，想要使用圖形介面還需安裝 EXPGUI；作者建議我們可以安裝bundle的版本：GSAS+EXPGUI。對於Linux的使用者，可以直接下載：

wget -c ftp://ftp.ncnr.nist.gov/pub/cryst/gsas/LINUX_gsas+expgui.tar.gz

假設把gsas放在/opt裡：

tar zxvf LINUX_gsas+expgui.tar.gz -C /opt

此時你需要以root權限設定一些變數：

echo " alias gsasgui=\"/opt/gsas/tcltk84+ /opt/gsas/expgui/expgui\"" >> /etc/skel/.bashrc

echo "export GSASHOME=\"/opt/gsas\"" >> /etc/skel/.profile
echo "export GSAS=\"/opt/gsas/exe\"" >> /etc/skel/.profile

有些linux版本(如RedHat系)可能是/etc/skel/.bash_profile，請自己留意。最後，你需要在.profile裡對PATH作最後的修正：

export PATH="$HOME/bin:$PATH:$GSAS:$GSASHOME"

正規的Linux設定裡，.bashrc裡規範alias、終端機格式等；在.profile裡規範環境變數、區域變數，因此強烈建議依照筆者的設定方式去設定。設定完成後，請使用者將/etc/skel裡的設定檔覆蓋到家目錄下即可：

cp /etc/skel/.bashrc ~/
cp /etc/skel/.profile ~/

設定在/etc/skel的好處在後續的維護上，往後新增使用者完全不必在設定一次。

你也可以參考for unix的教學。網站上的教學把alias設定在.profile裡，是違背當初設計的精神的；因此這樣設定雖然不會有誤，但還是強烈建議各位設定在.bashrc，而非.profile。

三、進階設定
使用者可以客製化自己的EXPGUI設定，請參考這裡。
請養成閱讀manual的好習慣，這裡有最新的手冊可以下載。

四、轉換小程式--JRaw2Gsas
我有為成大地科系高壓礦物實驗室寫了一個開放原始碼的小程式--JRaw2Gsas(The Java Raw to Gsas Transforming Program)，各位可以到我的協作平台下載使用。不過功能只能轉換成大地科系的兩台X-ray機器，其他的可不保證喔！
這是我寫的第一個圖形程式，也是第一個考過SCJP後寫的小程式，我很高興！雖然功能很簡單，但是我還是把原始碼跟各位分享；只是諸位如果利用我的code修改後，還是要再使用GPL發佈出來唷！

2008年12月11日星期四

matlab R2008A for Linux簡易安裝筆記

因為有學生在問，想想也許研究室的學弟也有需要在UNIX或linux安裝matlab的困擾，因此就做一篇簡單的、圖較多文較少的筆記，希望或多或少有幫助。

1. 將光碟或是iso檔掛載到系統上。假設是光碟機的話，你應該可以在/media/cdrom下面找到一個install的script。假設你是下載學校的iso檔，那麼你可以手動掛載。執行安裝的過程可以由下列簡單的script看出來：

#!/bin/bash
#you must execute this script as root!
mkdir /opt/matlab
mount -o loop MATHWORK_R2008A.iso /mnt
cp /mnt/license.dat /opt/matlab
./mnt/install

不過在我的debian下還是出現了一個錯誤訊息。如果你可以看到安裝圖形，那麼請略過此段。 -------------------------------------------------------------------
An error status was returned by the program 'xsetup',
the X Window System version of 'install'.

The following messages were written to standard error:
/mnt/update/bin/glnx86/xsetup: error while loading shared libraries: libXp.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory
Attempt to fix the problem and try again.

If X is not available or 'xsetup' cannot be made to work then try the terminal version of 'install' using the command:
install* -t or INSTALL* -t
-------------------------------------------------------------------
Sorry! Setup aborted . . .

原來是缺了一個共享函式。一般而言，這種大型軟體為了求速度跟安裝時的便利性，會用到的share library都不多，通常都是static library。不過既然如此，我們就找找看該怎麼安裝他。